Ce van a plusieurs origines, dans l'épisode It's Mean, It's Green, It's the Mystery Machine, on apprend que les anciens propriétaires de la fourgonnette étaient une famille populaire dont les enfants, formaient le groupe de musique connu sous le nom Mystery Kids. On apprend également que c'est cette famille qui est l’origine de la décoration de la fourgonnette (couleurs, fleurs et nom). Une autre histoire de son origine est proposée dans le film Scooby-Doo! The Mystery Begins. Le van serait le véhicule du jardinier qui travaillait pour les parents de Daphné, cette dernière devait avoir cette voiture pour ses 16 ans, vers la fin du film le gang peint et décore le camion qui devient la Mystery Machine. Alors quelle est votre version préférée ?